Danach geht es in die interne Diskussion und Entscheidungsfindung. Für jeden Fachbereich gibt es eine eigene Jury. Bei einzelnen, fachübergreifenden Projekten ist es möglich, dass sich zwei Juroren-Gruppen damit auseinandersetzen. In den Jurys sitzen viele ehemalige Teilnehmer von Jugend forscht, von denen heute viele in der Forschung und Wissenschaft tätig sind. Ihre Aufgabe beim Landeswettbewerb besteht nicht nur in der Bewertung der eingereichten Projekte, sondern vor allem auch darin, den Teilnehmern Feedback und Tipps für ihre weitere Forschungstätigkeit zu geben.
Die Teilnehmer haben am Nachmittag die Möglichkeit, verschiedene Exkursionsangebote zu nutzen. Dazu gehören z.B. der Besuch der Firmen MR, Osram und BMW in Regensburg, Bayernwerk Natur in Schwandorf oder eine Führung durch die Universität Regensburg.
Am Abend steht dann die sogenannte Sonderpreisverleihung auf dem Programm. Auf die Teilnehmer warten Sachpreise wie Zeitschriften-Abos, aber auch verschiedene Praktika und die damit verbundene Möglichkeit, in die richtige Forschungswelt tiefer einzutauchen.